Được xây dựng theo mô hình micro-school, TOMATO giống một ngôi nhà nhỏ ấm áp cho trẻ thơ với không gian được thiết kế tinh gọn và chú trọng việc đưa vào nhiều góc hoạt động đa dạng để trẻ có cơ hội khám phá chính mình trong những khía cạnh khác nhau, chẳng hạn như:
Góc Ngôn ngữ - Toán học: dành cho các hoạt động phát triển thông minh ngôn ngữ, thông minh logic/ suy luận.
Góc Nghệ thuật - Sáng tạo: dành cho các hoạt động nghệ thuật, khoa học và cảm quan, nhằm phát triển trí thông minh hình ảnh, thông minh thiên nhiên
Góc Vui chơi: dành cho các hoạt động về thông minh vận động, thông minh giao tiếp, óc tưởng tượng.
Góc Văn hóa - Địa lý: dành cho các hoạt động tìm hiểu và khám phá về các loài vật, dân tộc...cùng chung sống trên hành tinh này, nuôi dưỡng đam mê khám phá và phiêu lưu, tinh thần tôn trọng sự khác biệt cho các con...
Góc Yên tĩnh: dành cho những phút giây tĩnh lặng có ích cho trí thông minh nội tâm của trẻ, nơi con có thể chìm đắm vào một cuốn sách, hay đơn giản là nằm mơ mộng vẩn vơ.

Triết lý thiết kế không gian:

An toàn và do chính các bé làm chủ: Phòng học đầy đủ ánh sáng tự nhiên vào ban ngày và ánh sáng đèn vào ban đêm. Kích thước bàn ghế, vật dụng được thiết kế phù hợp với chiều cao của bé, trần nhà được hạ thấp bởi những đám mây, quả khinh khí cầu thả xuống... để bé có cảm giác gần gũi. Mỗi ngày học có một giờ mà con được tự chọn một góc hoạt động mà bé ưa thích.

Cân bằng giữa cái chung và cái riêng: Có những khu vực chung để bé tương tác, hòa nhập với tập thể, đồng thời cũng có cả những góc riêng để bé có thể “thả hồn”suy nghĩ hoặc nghỉ ngơi những lúc bé cần sự yên tĩnh hoặc muốn ở một mình.

Không gian mở và khuyến khích sáng tạo: Các khu vực được ngăn cách một cách khéo léo, có độ mở nhất định. Trường có những góc được trang trí bằng những vật dụng handmade hoặc bằng chính những tác phẩm của bé nhằm khơi gợi sự tò mò và khuyến khích bé sáng tạo